На самом деле, консоль не так страшна, как кажется. Для базовых задач — установка LAMP/LEMP стека, настройка виртуальных хостов и базы данных — существует масса готовых скриптов и подробных гайдов. За пару вечеров можно разобраться, если есть желание. Кроме того, работа через консоль дает полный контроль над системой, что часто удобнее ограниченных панелей. Главное — не забывать про базовую безопасность: отключать root-доступ, настраивать файрвол и SSH-ключи. Если совсем страшно, можно начать с сервера, где есть минимальный набор утилит. Я сам перешел с панелей на чистую консоль и ни разу не пожалел — быстрее, легче и понятнее, когда знаешь, что и где лежит. В этом плане у HSTQ хорошие базовые образы, которые уже оптимизированы под быстрый запуск.